(Socuéllamos, España entre 1523 y 1524 – Málaga, 1563) fue un noble y militar español y también caballero de la Orden de Santiago, comendador de Socuéllamos en dicha Orden, señor de Estremera, coadjutor del virreinato de Nueva España (México), y capitán general de las Galeras de España.
Don Francisco de Mendoza y Vargas fue el segundo hijo varón de don Antonio de Mendoza, primer virrey de Nueva España y Segundo del Perú. Nacido alrededor de 1523-1524 en la Casa Encomienda de Socuéllamos, éste no se lo llevó a América en 1535 debido a su corta edad, y pasó su infancia en la Mancha.
Pasó su juventud al cuidado de su tío Bernardino de Mendoza, quien le enseñó el oficio de la marina, y hasta 1542 en que su padre lo reclamó para que fuera Visitador General del virreinato, fue Capitán de Galeras (Galera La Patrona) y Alcaide de las fortalezas de Bentomiz y Vélez Málaga, habiendo participado en las batallas navales de Arbolán y Argel (1540-41).
Durante los diez años que permanece en los “reinos” de México y Perú se labra una carrera ascendente junto a su padre, preparando desde el mismo momento de su llegada la sucesión en el cargo y el virreinato perpetuo y hereditario, a semejanza de como antes habían hecho sus antepasados en el Reino de Granada y el resto de cargos que les habían sido entregados.
El envite es tan serio que Francisco de Mendoza llega a gobernar “de facto” y en solitario en el palacio virreinal de la capital mexicana durante unos meses (1549-1550), mientras su padre convalece de su enfermedad en Oaxaca.
El nombramiento del hijo del virrey como coadjutor y sucesor de su padre fue aprobado de forma oficial por la Audiencia de México. Así lo reconoce el oidor Quesada quien dice al virrey sucesor Disculpa al Virrey Mendoza de que estando enfermo, tullido y fuera de la ciudad, dejase facultad a su hijo Don. Francisco para firmar por él y despachar algunas cosas perentorias y de poca consecuencia, tocantes a gobernación, para lo cual lo pidió por parecer a la Audiencia. Por tanto, debería incluirse a Francisco de Mendoza entre el catálogo de gobernantes de México.
Es el momento en que está a punto de pasar a la historia de América y del mundo como el heredero de la dinastía de los Mendoza, aprovechando una laguna legal, la inexperiencia de los políticos españoles y apoyado por un movimiento “autonomista” de la colonia compuesto por múltiples religiosos –Fray Bartolomé de las Casas -, políticos – los oidores de la Audiencia -, encomenderos y el propio cabildo – Ayuntamiento – de la Ciudad de México.
La corona entiende el peligro real de este «movimiento autonomista de la Nueva España» y es el propio rey en comunicación a su Secretario Juan Vázquex de Molina de 26 de febrero de 1549 quien le dice Y porque se ha entendido que Don Antonio de Mendoza ha tenido fin a esto dejando lo de la Nueva España a Don Francisco, su hijo, lo cual en ninguna manera concederíamos por muchas causas y razones que hay.
Francisco de Mendoza ha pasado además a la historia de la medicina americana por haber sido el promotor del v Códice de la Cruz-Badiano, primer libro sobre herbolaria azteca elaborado por don Juan Badiano y don Martín de la Cruz , así como a la historia del azúcar por haber sido propietario del “ingenio” y mayor fábrica de la época. También se le tiene por el introductor del jengibre y otras especias asiáticas en México y América , ya que fue nombrado Factor real para este cometido.
La posterior y taxativa negativa del rey a las pretensiones de don Antonio de Mendoza (1550), nombrándole Virreu del Perú , un ascenso envenenado, supone el final de la carrera americana de don Francisco de Mendoza, su hijo, quien aún estará a punto de participar en una armada contra GonzáloPizarro (1547), y realizará una relación geográfica del Virreninato del Perú y Cerro del
Potosí, hoy perdidas (1552) por la que debería haber pasado a la posteridad como geógrafo de las Indias.
